第二阶段，林克会进入神兽内部，完成一个复杂的解谜关卡。神兽的关卡从规模上来说远超神祠，难度也直线上升。每个神兽的关卡都是精心设计的，而且非常符合神兽本身的特色。比如水之神兽就是一只大象，在获得神兽的部分控制权以后，林克可以操纵大象的鼻子由低到高地变化，从而爬上大象头顶，或者是用鼻子里喷出来的水冲开机关，打开一些之前去不到的区域。
而且，这些神兽内部都是完全立体的关卡，不仅仅是分层那么简单，不同的部位会互相影响，玩家必须有很好的立体思维才能解开谜题。为了适应这种关卡设计，《塞尔达传说》还专门用了3D透视图作为迷宫地图。
四神兽分别是东南方湿地的大象、东北方火山的蜥蜴、西南方沙漠的骆驼、西北方群山的老鹰。每一种神兽都对应着独特的区域和独特的村落，风土人情、支线任务各不相同。比如湿地的种族是人鱼，而群山的种族是鸟人，沙漠中是女人村落，林克还必须得变成女装大佬才能进入。
第三阶段，林克会和加农的分身进行boss战，每个分身的能力、难度和打法都有区别，在击败加农分身之后，就可以正式收复神兽，获得特殊的英杰祈福效果和专属的英杰武器。
甚至比这些更难的，还有大师剑试炼这种东西。
在大师剑试炼中，玩家不能带入任何的武器或者装备，一切从0开始。从刚开始捡地上的小树枝打最弱的小怪波克布林，一步步地拿到更高级的武器，到后来整个战斗的难度直线上升，是名副其实的终极挑战，中途失败就只能从头再来，即使是自信满满的硬核玩家，可能也要反复挑战很多次才能通关。
如果说《黑暗之魂》是同一种关卡风格不断变难、做到极致的话，那么《塞尔达传说》就是花式炫技，从易到难，从简到繁，无所不包，玩家永远都能在游戏中得到完全不同的体验。
而在战斗系统方面，《塞尔达传说》做得同样优秀。
如果说魂系战斗为平行世界中的冷兵器战斗游戏制造了一种新的模式，那么《塞尔达传说》则是告诉所有人，除了魂系战斗，冷兵器战斗还可以做些什么。
除了经典的持盾二人转、盾反、闪避、潜行背刺等元素之外，《塞尔达传说》还在很多方面做出了更丰富的选择。比如更加流畅的射箭手法和多种多样的属性箭矢，完美闪避后及空中开弓触发的林克时间，武器可以正常使用也可以拿来投掷，盾牌甚至可以拿来当滑板玩……
这其中引起争议最多的，就是武器耐久的设定。
在其他游戏中，武器耐久掉光之后可以去修理，修好了就完美如初；但《塞尔达传说》中武器耐久用光则是意味着这把武器彻底爆掉，想要再拿到，就要继续去刷除了剧情给的驱魔之剑（大师剑）。
在刚刚接触的时候，绝大多数玩家都感觉非常不适应，我特么刚拿到一把好武器，结果还没爽几下的就给我打爆了？然后我一个堂堂勇者，被驱魔之剑认可的骑士，平时只能拿着波克布林的木棒去打怪？有好武器都不舍得用啊！
等到玩家们收集了一堆酷炫而又碉堡的武器之后，却发现哪一把都舍不得用，最后还是没耐久的驱魔之剑用着不心疼，拿来砍个树啊割个草啊，没毛病！
堂堂大师剑竟沦落到了如此地步，真是令人唏嘘……
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